При своем вступлении на престол Екатерина II практически сразу подтвердила «Манифест о даровании вольности и свободы всему российскому дворянству», поскольку, будучи искренней противницей этого документа, она так и не рискнула пойти на открытый конфликт со всем благородным сословием. Вместе с тем, вопреки своим личным убеждениям, она столь же решительно отвергла сенатский Указ «О секуляризации монастырских и церковных земель» и «Проект учреждения Императорского Совета», разработанного канцлером графом Н.И. Паниным, который ряд авторов (Н. Чечулин, Н. Минаева, В. Петрова) расценивали как новую «аристократическую конституцию».
Единственным новшеством, взятым из «Проекта» графа Н.И. Панина стала реформа Правительствующего Сената, в ходе которого он был разделен на шесть департаментов и окончательно потерял свою прежнюю роль высшего административного органа империи, сохранив за собой лишь функции высшей судебной инстанции. Вместе с тем, Екатерина II значительно повысила роль генерал–прокурора Сената, который, помимо исполнения своих традиционных полномочий, стал фактическим министром юстиции и министром финансов Российской империи.
Опираясь на эту когорту новых сановников империи, Екатерина II вернулась к проблеме церковного землевладения, и уже в феврале 1764 г. подписала новый Указ «О секуляризации всех монастырских и церковных земель» и передаче всех монастырских крестьян, получивших статус экономических, в ведение Коллегии экономии, первым президентом которой был назначен гофмейстер императорского двора, генерал–поручик князь Б.А. Куракин. В том же 1764 г. Екатерина II полностью упразднила военно–полковую автономию Малороссии, и управление этой обширной территории вновь было передано в руки воссозданной Малороссийской Коллегии, президентом которой был назначен генерал–аншеф П.А. Румянцев.
В ноябре 1765 г. Екатерина II, серьезно озаботившись проблемами экономического положения страны, по прошению ряда видных вельмож, в частности графа Г.Г. Орлова, графа Р.И. Воронцова, графа И.Г. Чернышев и графа А.В. Олсуфьева, учредила Вольное экономическое общество, а затем приступила к сочинению своего знаменитого «Наказа» Уложенной Комиссии. Надо сказать, что попытки проведения новой законодательной реформы неоднократно предпринимались и Петром I в 1700, 1714, 1719–1725 гг., и Екатериной I в 1725–1727 гг., и Елизаветой Петровной, в 1754–1761, однако, работа их Уложенных Комиссий не увенчалась созданием нового свода законов. Поэтому Екатерина II вновь вернулась к этой острой проблеме и уже в декабре 1766 г., окончив написание своего знаменитого «Наказа», издала указ о созыве новой Уложенной Комиссии.
В условия начавшейся русско–турецкой войны, Екатерина II, столкнувшись с острой нехваткой наличных денежных средств, выступила с инициативой проведения новой денежно–финансовой реформы, которая затронула и банковскую сферу, и сферу наличного денежного обращения, где впервые появились бумажные деньги или ассигнации.
В исторической науке и околонаучной среде до сих пор существует устойчивое мнение, что после Крестьянской войны Е.И. Пугачева начинается новый период во внутренней политике Екатерины II, который характеризовался открытой дворянской реакцией. Однако большая часть современных авторов считают, что и после пугачевского бунта Екатерина II сохранила приверженность основным идеям просветительской идеологии, поскольку именно в этот период она провела губернскую, судебную, полицейскую и коллегиальную реформы, а также инициировала издание знаменитых Жалованных грамот дворянству и городам.
